Rupert Mayer se narodil 23. ledna 1876 ve Stuttgartu (Bádensko-Württembersko) jako druhý ze šesti dětí. Jeho otec byl obchodník. V rodině se mu dostalo dobré křesťanské výchovy, avšak na místních školách převládala vůči katolické církvi nepřátelská atmosféra. Na přání otce proto Rupert přestoupil na gymnázium do Ravensburgu (Horní Švábsko), kde se setkal se studenty jezuitské školy ve Feldkirchenu. Ti vzbudili jeho zájem o jezuitský řád, do něhož chtěl po maturitě vstoupit. Poslechl však přání otce, aby nejprve absolvoval diecézní seminář a aby vstoupil k jezuitům až po ročním působení coby diecézní kaplan, vytrvá-li ve svém rozhodnutí.
Teologii studoval v letech 1893 až 1898 v Rottenburgu (Bádensko-Württembersko). Kněžské svěcení přijal 2. května 1899 a pak rok sloužil jako kaplan ve farnosti Spaichingen. Do jezuitského noviciátu vstoupil 1. října 1900 v rakouském Feldkirchenu. Po prvních slibech v roce 1902 začal studium v nizozemském Valkenburgu. Pak působil jako lidový misionář v Nizozemí, Švýcarsku, Německu a Rakousku. V roce 1912 ho kardinál Bettinger povolal do Mnichova, aby se staral o přistěhovalce a ohrožené rodiny. V roce 1913 byl spoluzakladatelem Bratrstva Svaté Rodiny.
Apoštol Mnichova
Po začátku první světové války v roce 1914 dobrovolně nastoupil jako vojenský duchovní a byl přidělen k sanitární službě. Po roce dostal funkci divizního faráře. Stal se prvním polním duchovním, který byl vyznamenán Železným křížem. Roku 1916 se se svým útvarem účastnil bitev ve Vogesách, v Galicii a v Somě. Když se při jedné střelbě rozhodl chránit těžce zraněného vojáka, utrpěl závažné zranění na levé noze, která mu musela být amputována vysoko nad kolenem.
Až do konce války pak opět působil v Mnichově; byl znám jako neúnavný kazatel a i přes svůj hendikep byl velmi aktivní. V adventu roku 1919 zorganizoval lidové misie ve všech kostelích Mnichova. Kardinál Faulhaber jej nazval apoštolem Mnichova a v roce 1921 ho jmenoval představeným Mariánské kongregace s cílem prohlubovat víru u mužů. Jeho hlavním působištěm byl jezuitský chrám sv. Michala, kde kázal a zpovídal. V roce 1925 zřídil kapli na mnichovském nádraží, ve které po dalších deset let o nedělích a svátcích sloužíval dvě mše svaté.
Neúnavný kazatel a bojovník proti fašizmu
Po vzniku německé národně socialistické strany již od samého počátku varoval před fašizmem a nacizmem, za což ho byl pronásledován a později vězněn. První výstrahu dostal 15. května 1936. O rok později, 16. května 1937, dostal zákaz veřejných promluv v Německu. Ten ignoroval, a vzápětí, 5. června, byl zatčen a dopraven do stadelheimské věznice v Mnichově. Při soudním procesu 22. července byl podmínečně odsouzen na šest měsíců za kázání v mnichovském kostele sv. Michala, ve kterých kladl důraz na to, že člověk musí poslouchat více Boha než člověka.
Jezuitští představení mu sice doporučili mlčet, ale kazatelskou činnost, ve které viděl své poslání, mu nezakázali, a P. Mayer tedy neohroženě kázal dál. 5. ledna 1938 byl znovu zatčen a odsouzen k půlročnímu trestu ve věznici v Landsbergu. Po amnestii 3. května byl propuštěn opět s podmínkou, že nebude kázat. P. Mayer však byl přesvědčen, že politické vlády nemají právo míchat se do církevní jurisdikce, a tak ve svých plamenných kázáních pokračoval. 3. listopadu 1939 proto byl odsouzen potřetí a dopraven do koncentračního tábora v Sachsenhausenu, kde byl sedm měsíců držen na samotce. Když se po velkém úbytku váhy octl v akutním nebezpečí života, přemístili ho díky intervenci církevního úřadu do domácího vězení v benediktinském opatství v Ettalu v Horním Bavorsku. Toto opatření trvalo až do konce války a podle poznámek v Mayerově deníku pro něj bylo horší než smrt. K tomuto kompromisu došlo údajně proto, aby se ze známého kněze nestal nový mučedník.
Pán si jej povolal z kazatelny
Brzy po příchodu amerických vojáků do Ettalu, o svátku Nanebevstoupení Páně 10. května 1945, P. Mayer poprvé po pětileté pauze zase kázal v místním chrámu. Druhého dne se vrátil do Mnichova, kde zázrakem zůstal zachován jeho pokoj, i když kostel sv. Michala ležel v ruinách. P. Mayer se okamžitě pustil do obnovení činnosti mariánské kongregace mužů. Jeho zdraví však bylo po prožitém věznění značně podlomené, a tak jej v červenci 1945 postihl lehký záchvat mrtvice. Ten se citelněji opakoval v září, ale P. Mayer navzdory radám lékařů nepolevil ve svém činorodém životě zaměřeném na Boha a spásu lidí.
Při mši svaté sloužené v kostele sv. Michala o slavnosti Všech svatých roku 1945 měl P. Mayer své poslední kázání, které již nedokončil. Připomínal v něm ty nejubožejší, nemocné, ty, co museli opustit vlast, vězněné i sirotky, o něž se starají apoštolové lásky k bližnímu, kteří svou sílu čerpají ze svatého přijímání. Po zdůraznění síly pocházející z eucharistie změněným hlasem opakoval: „ To je Pán“, a při třetím záchvatu mrtvice ztratil vědomí. Duši Pánu odevzdal téhož dne v mnichovské nemocnici Josefinum.
Jeho tělo odpočívá v mnichovském kostele Burgersaal, který je místem setkávání členů mariánské kongregace mužů. P. Ruperta Mayera blahořečil papež Jan Pavel II. roku 1987 na Olympijském stadionu v Mnichově.
